É muito importante evidenciar que as patologias das vias aéreas superiores (sinusites, amigdalites, rinites, adenóides) podem gerar mau hálito principalmente por tornar o Paciente um respirador bucal, o que irá gerar um ressecamento na mucosa bucal e consequentemente aumentar a descamação de células (pedacinhos microscópicos de pele), o que irá propiciar a formação de saburra lingual e do cáseos amigdalianos.
Os cáseos amigdalianos mencionados acima, pequenas bolinhas mal cheirosas que se formam no interior das amígdalas, semelhantes a uma bolinha de queijo, são a causa mais comum de halitose proveniente das vias aéreas superiores. Entretanto, a manifestação da halitose vinda dos cáseos é através do ar expirado pela boca, pois as amígdalas se localizam na orofaringe, entre a faringe e a boca.

Existem muitas causas de halitose vindas de dentro do organismo, mas que correspondem a uma pequena parcela dos casos de halitose.

Um causa comum de halitose vinda de dentro do organismo são os longos intervalos em jejum que provocam a hipoglicemia (quem já fez regime para emagrecer sabe disso).

É normal ter halitose ao acordar. Isso se dá pelo jejum da noite associado à redução do fluxo salivar que acontece normalmente durante o sono. Após ingerir o café da manhã e escovar os dentes, esse hálito alterado deve desaparecer. Se não desaparecer, existe algum problema que deve ser investigado e tratado.

Bebidas alcoólicas e diversos alimentos (principalmente os com excesso de gordura e proteína animal, além do alho, cebola, frituras, alimentos que contenham enxofre, etc.) podem causar uma alteração no aroma bucal, especialmente em pessoas que já tiveram ou têm algum problema no fígado, pela dificuldade deste em metabolizar certas substâncias presentes nesses alimentos.

É importante mencionar que o estômago não provoca o mau hálito crônico, podendo entretanto, provocar uma alteração breve e passageira no odor do hálito. Um exemplo disso é quando a pessoa é portadora de um refluxo gastro-esofágico ou ainda quando tem arrotos frequentes, mas em ambos os casos, o odor característico é ácido ou do odor do alimento que estiver no estômago, bem diferente do cheiro característico da halitose crônica, que tem odor de enxofre.

O intestino preso ou a diarréia podem, muito raramente, causar o mau hálito.

Diabetes, disfunção renal grave, carência de vitamina C e outras doenças ou disfunções mais raras também podem causar alteração no odor bucal, mas a ocorrência destas dooenças ou disfunções correspondem a uma porcentagem mínima dos casos, se compararmos com os casos de origem bucal.